Bilindiği gibi, vergi mükellefiyetinde mükellefiyet itibari ile işe başlama durumu farklılık arz etmektedir. Vergi dairesi tarafından yoklama sırasında iş yerinin tadil aşamasında olması halinde görevli yoklama memurları yoklama fişini düzenlemeyerek veya iş yerinin tadilatta olduğunu yoklama fişine kayıtlandırmaktadır.
213 sayılı VUK 153. Maddesine göre işe başlama bildiriminin nasıl yapılacağı belirtilmiştir. Burada tüccarlar açısından işe başlama, serbest meslek erbabının işe başlaması, şirketlerin işe başlaması ve ayrıca kollektif ve adi şirketlerde işe başlama bildirimi yasa hükmünde açıkça belirtilmiştir. 213 sayılı VUK 155. Maddesinde serbest meslek erbabı için işe başlamanın tarifi ve emareleri yapılmıştır.
Uygulamada anonim ve limited şirketler yönünden şirketin kurulması, sicil tasdiknamesinin alınması, noterden imza sirkülerinin düzenlenmesi, vergi dairesine işe başlama bildiriminin verilmesi, yoklama memurunun iş yerini ziyaret edip, fiilen işe başlama olmadığını tespit etmesi… hallerinde fiilen işe başlamadan söz edilemez.
Öte yandan, bir iş yerinin tutulması, o iş yerinde boya badana yapılması veya başka tamir ve tadilatlar yapılması bu mükellefin işe başladığına emare teşkil etmez. Özellikle limited ve anonim şirketlerde fiilen işe başlama konusunda e-yoklama fişi düzenlenmediği takdirde bu şirketin fiilen işe başladığından söz etmek olanaksızdır. Bu durum beraberinde kağıt üzerinde şirketin kurulması, sicil tasdiknamesinin alınması, ticaret sicil gazetesinden şirketin ana sözleşmesinin yayınlanması bu şirketin fiilen işe başladığını göstermez. Ancak, vergi daireleri bu tür kurulan şirketlerden her ay aylık KDV, BABS formu ve diğer beyan ve bildirimleri talep etmektedirler. Aynı durum gerçek usul gelir vergisi mükelleflerinde olması durumunda ( Fiilen işe başlanıldığının e-yoklama fişi ile tespit edilmemesi hali ) vergi daireleri KDV beyannamesi, BABS formu talep etmemektedir. Sanırız bu durum gerçek usuldeki mükelleflerde fiilen işe başlamanın tespit edilmeyişi nedenine bağlıdır. Doğal olarak vergi daireleri bu gibi mükelleflere daha sonra ikinci bir e-yoklama fişi düzenleyerek, işe başlamayı tespit etmektedirler.
Sonuç olarak, işe başlama, fiilen işe başlama, e-yoklama fişinin düzenlenmesi gibi konular anonim ve limited şirketler açısından maddi ve manevi mağduriyetlere neden olabilmektedir.