Özellikle uzlaşmada, pişmanlık ya da cezada indirim yollarından biri ile uyuşmazlığın idari aşamada çözümlenmesi sonucu, mükellef cezanın büyük bir bölümünü ödemekten kurtulabilmektedir. Aynı mükellefin, uyuşmazlığı idari aşamada çözümlemeye yanaşmayıp da yargı yoluna başvurması ve davayı da kaybetmesi (davanın reddedilmesi) durumunda, vergi ve cezayı aynen ödemesi hatta ayrıca faiz ödemesi de söz konusu olabilecektir. İdare ise uyuşmazlığın yargı yoluna intikal etmesi durumunda, belki de hiç tahsil edemeyeceği ya da birkaç yıl sonra kısmen tahsil edebileceği vergi veya cezayı, indirimli olsa dahi, bir an önce tahsil etmiş olmaktadır.
Vergi uyuşmazlığının idari aşamada çözümlenmesini gerektiren nedenlerden biri de, hem mükellef hem de idare yönünden, emek ve zaman kaybı ile bazı giderleri önlemesi olmaktadır. Uyuşmazlığın idari aşamada çözümlenmesi sonucu, mükellef yargı yoluna başvurma ve dava aşamasında karşılaşılacağı emek ve zaman kaybından kurtulmaktadır. Mükellef, bunların yanı sıra, dava dilekçesinin hazırlanması, davanın açılması, müşavirlik ya da avukatlık gibi giderlerden de kurtulabilmektedir.
Aynı nedenler idare bakımından da söz konusudur. Yani uyuşmazlığın idari aşamada çözümlenmesi sonucu idare de, emek ve zaman kaybından kurtulmuş olmaktadır.
Bunların yanı sıra, davanın izlenmesi ve savunma yapılması aşamalarında ve idarenin sonuçta haksız çıkması durumunda yapılacak bazı giderler de uyuşmazlığın idari aşamada çözümlenmesi ile önlenmiş olmaktadır.
Uyuşmazlığın idari aşamada çözümlenmesini gerektiren bir başka neden de idare-mükellef ilişkileri yönündendir.
Ortaya çıkan uyuşmazlığın idari aşamada çözümlenmesi sırasında, mükellefin duruma göre vergi ve cezanın bir kısmını ödemeye yanaşması, idarenin de mükellefe ödeyeceği tutar ve ödeme süresi bakımından bazı kolaylıklar sağlaması, mükellef ile idare arasındaki ilişkiyi olumlu yönde etkilemektedir.
Vergi alma ve vergi ödeme yükümlülüklerinden dolayı, yıllarca karşı karşıya gelecek olan mükellef ile idarenin, iyi ilişkiler içinde olmaları, tarafların arzulayacakları bir yaklaşım biçimi olmaktadır.
Vergi uyuşmazlıklarının idari aşamada çözümlenmesini gerektiren diğer bir neden de tarafların birbiri üzerinde yaratacağı karşılıklı güven ve anlayış olmaktadır.
Yapılan idari işlemde, kısmen ya da tamamen bir hatanın bulunması durumunda, mükellef idareye güven duyarak yargı yoluna başvurmayı düşünmeksizin, hatayı düzelttirme yoluna gidebilmekte, idare de varsa bu hatayı kısa süre içinde düzeltmektedir. Yapılan tarhiyat yerindeyse, idare bunun gerekçelerini mükellefe açıklamakta, mükellef de uyuşmazlığı dava konusu yapmaksızın diğer idari yollara başvurup, uzlaşma ya da cezada indirim isteyerek ödeme yoluna gidebilmektedir.