213 Sayılı VUK 'nun 138 mad. hükmüne göre, vergi incelemesi 5 yıllık tarh zamanaşımı dahilinde yapılabilmektedir.
İnceleme, neticesi alınmamış hesap dönemi de dahil olmak üzere, tarh zamanaşımı süresi sonuna kadar her zaman inceleme yapılabilir.
Evvelce inceleme yapılmış veya matrahın resen takdir edilmiş olması yeniden inceleme yapılmasına ve gerekirse tarhiyatın ikmaline mani değildir.
Son zamanlarda, vergi daireleri tarafından sahte veya muhteviyatı itibariyle yanıltıcı belge kullanmış olduğu iddiasıyla şüpheli faturaların düzeltme beyannamesiyle geri çekilmesi ve neticede bu faturaların gelir vergisi, KDV, geçici vergi yönünden düzeltilmesi resmi yazıyla talep edilmektedir. Söz konusu yazılarda: 'Bu itibarla, bu yazımızın tebliğinden itibaren 15 gün içerisinde aşağıda belirtilen döneme/dönemlere ilişkin olarak hakkında olumsuz rapor/olumsuz tespit bulunan mükelleflerden yapmış olduğunuz alımlara ilişkin işlemin gerçekliğini KDV Genel Uygulama Tebliğinin (IV/E-5) bölümündeki açıklamalara göre ispat etmeniz veya ilgili dönem beyanlarınızı Tebliğ'de belirtildiği şekilde düzeltmeniz halinde hakkınızda özel esaslar uygulanmayacaktır. Yazımızın tebliğ tarihinden itibaren 15 gün içerisinde Dairemize bilgi verilmemesi, işlemin gerçekliğinin ispatlanmaması veya beyanlarınızın düzeltilmemesi halinde ise sahte belge veya muhteviyatı itibarıyla yanıltıcı belge kullanma tespiti dolayısıyla özel esaslara ilişkin hükümler Dairemizce resen uygulanacaktır.' Şeklindeki yazı tebligatları mükelleflere tebliğ edilmektedir.
Vergi daireleri tarafından mükelleflere tebliğ edilen yazılarda ayrıca:
Mal veya hizmet satın alınan problemli fatura sahibi mükellefin vergi dairesi, vergi kimlik No, unvanı, faturanın dönemi, fatura tutarı, KDV'si ayrıntılı olarak belirtilmektedir.
Sonuç olarak söz konusu yazılara göre, düzeltme beyannamesi veren mükellefler hakkında gerekli işlemler yapılarak, düzeltme beyannamesi üzerine tahakkuk fişleri düzenlenmekte ve problemli faturalar geri çekilmektedir.
Öte yandan problemli faturayı düzeltmeyen mükellefler ise, takdir komisyonlarına matrah takdiri için sevk işlemi yapmaktadır. Bazı mükellefler ise, bu gibi durumlarda takdir komisyonlarına sevk edilmeyip vergi incelemesi için vergi müfettişliğine havale edilmektedir. Bazı hallerde önce takdir komisyonu tarafından takdir edilen matrahlar üzerinden cezalı tarhiyatlar yapılmaktadır. Daha sonra yine aynı dönemle ilgili vergi inceleme raporuyla aynı yıl ve dönem için cezalı tarhiyatlar önerildiği görülmektedir. Bu durum akla mükerrer tarhiyat yapılmış olduğu sonucunu ortaya koymaktadır. Bu durumda gündeme 213 sayılı Vergi Usul Kanununun 116 ila 124. Maddelerinde düzenlenen vergi hatası realitesi ortaya çıkmaktadır.