Bilindiği gibi, vergi daireleri 213 sayılı VUK'nun 160. maddesine göre işi bırakma bildiriminde bulunmayan bir mükellefin işi bıraktığı konusunda tespitler yapması halinde mükellefiyet kayıtlarını resen silebilmektedir. Yine aynı şekilde mükellefin adresinde yapılan yoklama işlemleri sonucunda adresinde bulunmadığı tespit edilmesi durumunda vergi daireleri resen mükelleflerin mükellefiyet kayıtlarını silebilmektedirler.
Mükelleflerle ilgili vergi dairelerinin resen mükellefiyet kaydını silmeleri konusunda 213 sayılı VUK'nunda 5228 sayılı yasanın 6. md hükmü ile önemli düzenlemeler yapılmıştır. Buna göre vergi daireleri adresinde bulunamayan mükelleflerle ilgili olarak resen vergi kayıtlarını silebilmektedir. Aynı mükellefin bir başka adreste faaliyette bulunması durumunda bu takdirde mükellefiyet kaydı yeni adreste devam ettirilecektir.
Uygulamada, daha çok sahte veya muhteviyatı itibarıyla yanıltıcı belge düzenleyen mükellefler konusundan vergi daireleri bu durumu önlemek amacıyla bir dizi yetkiler almış bulunmaktadır. Şu halde 213 sayılı VUK'nun 160. maddesine 5228 sayılı yasa ile eklenen hüküm gereğince;
1- Sahte belge düzenlemek amacıyla mükellefiyet kaydı açtıran mükelleflerle ilgili vergi daireleri resen bu mükellefiyeti sonlandırabilmeleri için mutlak surette bir vergi inceleme raporu ile bu mükellefiyet kaydını ancak terkin edebileceklerdir.
2- Yine adresinde bulunmayan veya bir başka adrese nakil olduğu halde bu durumu vergi dairesine bildirmeyen mükelleflerle ilgili resen terk işlemi yapılabilir.
3- Anonim veya limited şirketlerde şirket tüzel kişiliğinin adresinde bulunmaması durumunda veyahutta şirket ortak veya müdürlerine ulaşılmaması halinde bu şirketler vergi daireleri tarafından mükellefiyet kayıtları resen silinebilir.
4- Adresinde bulunmayan şirketlerle ilgili olarak sahte fatura düzenlediği konusunda somut tespitlerin olması durumunda bu şirketlerin mükellefiyet kayıtları ancak vergi incelemesi sonucunda inceleme elemanları tarafından düzenlenecek raporlarla mükellefiyet kayıtları ancak sonlandırılabilir.
5- Ortada vergi incelemesi yokken hiçbir şekilde hiçbir şirketin vergi kaydı sonlandırılamaz.
Uygulamada vergi daireleri adresinde bulunmayan ya da o anda yoklama memurları tarafından yoklama sırasında bulunmayan mükelleflerin bu yoklama işlemlerinin en az 2 kez farklı tarihlerde takip edilmesi gerekmektedir. Buna rağmen, adresinde bulunmayan mükelleflerle ilgili sahte belge düzenlediği konusunda vergi inceleme raporu bulunmayan mükelleflerin mükellefiyetleri resen silinemeyecektir. Gayrifaal ve adresinde bulunamayan şirketler ise geçici olarak mükellefiyet kayıtları kapatılabilir. Bu mükelleflerin herhangi bir şekilde ortaya çıkması halinde düzenlenecek yoklama fişleri ile tekrar mükellefiyet kayıtları açılacaktır.
Öte yandan, uzun zamandan beri çalışmayan içi boş gayrifaal şirketler bir şekilde fesh ve tasfiye hükümlerine göre tasfiye edilmeleri halinde mükellefiyet kayıtları yeniden açılacaktır. Vergi daireleri uygulamada adresinde bulunmayan şirketler için vergi incelemesine sevk işlemi yapmak suretiyle aynı anda da mükellefiyet kayıtlarını kapatmaktadırlar. Bu aşamada mükellefin bağlı olduğu meslek kuruluşuna hiçbir şekilde bilgi verilmemekte ve ilgili oda ile yazışma yapılmamaktadır.
Oysaki, 213 sayılı VUK'nun 160. maddesinin 3. fıkrası değiştirilmiş olup, maddenin sonuna eklenen yeni fıkra ile adresinde bulunmayan şirketler hakkında sahte fatura düzenlediği konusunda somut bir tespit bulunması halinde durum bir vergi inceleme elemanı raporu ile bu mükelleflerin vergi kayıtları terkin olunmaktadır. Uygulamada bu madde hükmü vergi daireleri tarafından yanlış tatbik edilerek pek çok iyi niyetli mükellef hakkında yanlış kanaatler nedeniyle bu mükelleflerin vergi kayıtları sonlandırılarak çeşitli mağduriyetlerin ortaya çıkmasına neden olmaktadır. Ortada herhangi bir vergi inceleme raporu bulunmazken mükelleflerin sahte fatura düzenledikleri iddiasıyla mükellefiyet kayıtların tek taraflı silinmesi hukuka uyarlı bir uygulama olamaz.
Diğer yandan, 213 sayılı VUK'nun 160/3 md hükmüne göre esasen vergi mükellefiyet kayıtlarının silinebilmesi için kesinleşmiş bir mahkeme kararının da aranması gerektiği bilinmektedir. Aksi takdirde idarenin vergi mükellefiyetini kapatma konusunda genişletilmiş somut bir yetkisi yoktur. Böyle bir yetkinin idarelere verilmesi durumunda keyfi bir uygulama olup, idare bu yetkiyi gelişi güzel kullanabilir. Mükellefiyet hakkı anayasal bir haktır. Böyle bir anayasal temel hakkın kullanımı idarenin inisiyatifine bırakılmamalıdır.
213 sayılı VUK md. 160
Bu konuda Maliye Bakanlığı tarafından yayınlanan iç genelgeler için bkz. 2000/12 iç genelge, yayım tarihi 29/10/2000'dır. Yine aynı şekilde 2004/13 sayılı ve 2009/3 sayılı iç genelgeler incelenmelidir.
Vergi Daireleri Uygulama İç Genelgesi 2009/3. bu genelgeye göre daha önce mükellefiyet kaydı terkin edilen mükelleflerden tasfiyeye girdikleri öğrenilenlerin mükellefiyet kayıtları tasfiyeye girilen tarih olarak tesis edilmesi yolunda işlem yapılması uygulamada sorunlara neden olmaktadır. Özellikle, geçmiş 5 yılla ilgili beyanname verilmediği iddiasıyla e-beyan özel usulsüzlük cezaları ve takdire dayalı KDV, gelir, kurumlar ve stopaj tarhiyatları mükellefleri cezalandırmaktadır.