Muhasebe denetim faaliyetinde en önemli konulardan biri mesleki şüpheciliktir. Muhasebe meslek mensubu (denetçi), denetim faaliyetini planlarken ve gerçekleştirirken, finansal tabloların işletmenin gerçek finansal durumunu ve faaliyet sonuçlarını göstermesine engel teşkil edebilecek ölçüde önemli yanlışlıkları içerebileceği varsayımını göz önünde bulundurarak, mesleki şüphecilik anlayışıyla hareket etmek zorundadır.
Mesleki şüphecilik; muhasebe meslek mensubunun (denetçinin), sorgulayıcı bir yaklaşımla, kanıtların geçerliliğini incelemesi ve kanıtların, işletme yönetiminin açıklamaları ve diğer bilgi ve belgeler ile çelişki içinde olup olmadığını değerlendirmesidir. Denetçinin mesleki şüphecilik anlayışıyla hareket etmesi; denetim sürecinde şüpheli olayların gerekli özen gösterilmeden değerlendirilmesi, denetim kanıtlarından sonuca ulaşırken gereğinden fazla genelleme yapılması, denetimin mahiyet, zamanlama ve kapsamının belirlenerek denetim yöntem ve tekniklerinin seçimi ve sonuçlarının değerlendirilmesinde yanlış varsayımların kullanılması gibi denetim risklerini azaltır. Denetçi, denetimi faaliyetlerini planlarken ve gerçekleştirirken işletme yönetiminin ne dürüst olmadığı ne de kuşku götürmez bir şekilde dürüst olduğu varsayımıyla hareket eder.
Denetçi, denetim çalışması süresince mesleki şüphecilik tutumu içerisinde, işletmeyi yönetenlerin dürüstlüğü ve doğruluğu hakkında geçmiş tecrübelere dayanan bilgisi mevcut olsa bile, hile ve usulsüzlükten kaynaklanan önemli bir yanlışlığın olabileceğini ayrıca göz önünde bulundurmak zorundadır. Muhasebe verilerinin artması, muhasebe verilerindeki karmaşa nedeniyle makul güvence oluşturulabilmesi önemli ölçüde mesleki şüphecilik kapsamında incelenmesi gereken kanıtların hacmi önemli bir etkendir. Mesleki şüphecilik denetlenecek kanıtların miktarının her bir unsura göre saptanmasında rol oynayan olgulardan biridir. Başka bir değişle denetimde önemlilik derecesinin saptanması ve risk analizinde mesleki şüphecilik yaklaşımı belirleyici faktörlerden biridir.
Önemlilik düzeyinin belirlenmesinde ve risk analizi bağlamında mesleki şüphecilik anlayışı özellikle işletme yöneticileri ile yapılan görüşmelerde edinilen izlenim kapsamında şekillenir. Bu nedenle mesleki şüphecilik anlayışının şekillenmesinde denetçinin, işletmenin yöneticileri ile yapmış olduğu görüşmeler sırasında almış olduğu yanıtların ve onlardan alınan diğer bilgilerin makul olup olmadığının, denetim çalışması esnasında derlenen diğer kanıtlarla birlikte dikkatlice değerlendirmesini gerektirir. Bu gereklilik nedeniyle denetçinin ve ekibinin müşterisinden bağımsız olması zorunluluktur.