Katma Değer Vergisi Kanununun 48. maddesinde, KDV ödenmeden veya eksik ödenerek yurda sokulan eşyaların hiç alınmamış veya eksik alınmış vergiler hakkında Gümrük Kanunundaki esaslara göre işlem yapılacağı hükme bağlanmıştır.
Buna göre, katma değer vergisi ödenmeden veya eksik ödenmek suretiyle ithal edilen eşya için, 1615 Sayılı Gümrük Kanunundaki esaslara göre işlem yapılacaktır. İstisnai olabilecek kaçak ithalat dışında ithal sırasında diğer vergilerle birlikte katma değer vergisinin eksik ödenmesi, esas itibariyle tarife uyuşmazlıklarından ileri gelir. Fiili gümrüklemeden sonra yapılacak kontrol veya teftişle ortaya çıkacak ilave vergi talebi önce ithalatçıya bir yazı ile bildirilir. Buna karşı 1615 sayılı Kanunun 80- 84. maddeleri dahilinde idari itiraz yoluna gitme olanağı vardır. Yargı merciine ancak idari itirazın yapılıp red cevabının alınmasından sonra gidilebilecektir.
Gümrük Kanununda hiç alınmamış veya noksan alınmış vergilerin istenmesi 86. maddede düzenlenmiştir. Bu maddeye göre;
a) Hiç alınmamış veya noksan alınmış Katma Değer Vergisi fiili ithalat tarihinden itibaren 3 yıl içinde ilgili gümrüğünce yazı ile bildirilerek ilgilisinden istenir.
Mükellefler bu istem karşısında, tebliğ tarihinden itibaren 15 gün içeresinde Gümrük Kanununun 80 ve 84. maddeleri çerçevesinde itiraz haklarını kullanabilir.
Bu verginin tahakkukun kesinleştiği tarihten itibaren bir ay içinde ödenmesi gerekir.
b) Yukarıdaki fıkrada yazılı haller ceza uygulamasını gerektirdiği takdirde ayrıca, cezaya da hükmolunur.
Konunun özelliği, gümrük idaresince istenecek ilave katma değer vergisinin mükellef nezdinde indirim konusu yapılıp yapılmayacağıdır. Bir anlayışa göre, kaçak ithalat gibi, istisnai durumlar dışında, gümrüğe ödenecek ilave katma değer vergisinin de ödendiği tarihte veya bir yorumla kesinleştiği, ödenmesi gereken safhaya girdiği dönemde indirim konusu yapılacağıdır. Bu anlayış içinde, gümrüğün isteyeceği ilave katma değer vergileri bakımından sorun da doğmaz. Ödenecek verginin indirileceği kabul edilince, mükellefin ihtilafa gitmesi için neden kalmaz. Ancak, genelde, anlaşmazlık tek başına katma değer vergisi ile ilgili olmaz. Gümrükte ödenmesi gereken vergilerin bütünü bakımından ilave ödeme talebi ile karşılaşılır. Bu durumda yargı kararının kesinleştiği tarihte, ödeme mükellefiyeti doğar. Verginin ödenmesi üzerine de indirim hakkının kullanılması gerekir.